بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی افزون بر برگزاری همایش‌ها و نشست‌های علمی و پژوهشی، تاکنون آثار فراوانی را منتشر کرده و در اختیار پژوهشگران و محققان قرار داده است.
این آثار با موضوعاتی همچون مطالعات قرآنی، حدیث، سیره معصومان(علیهم السلام) و سرگذشت نامه‌ها، فقه و اصول، زبان، ادب و هنر اسلامی، اقتصاد اسلامی، تاریخ و جغرافیا، ادعیه و آداب و رسوم مسلمانان و... منتشر شده است.
از ابتدای سال 1397 تاکنون 120 اثر توسط این مرکز تولید شده است که از این میان 71 اثر چاپ نخست بوده و 48 اثر تجدید چاپ شده است.
«فضیلت زیارت رضوی»، «گزیده موضوعی مشکوة نسخه‌های کهن از قرآن کریم»، «احادیث کاشی‌های زرین فام حرم مطهر رضوی»، «اطلس تاریخی سادات ایران: اصفهان»، «اطلس تاریخی سادات ایران: خراسان بزرگ»، «اطلس تاریخی سادات ایران: زنجان، ابهر وسلطانیه» و «امالی سید مرتضی» برخی از عناوین تازه منتشر شده این مرکز است.
«بر آستان عاشورا»، «اصحاب کهف در تورات، انجیل و قرآن»، «آیینه مهر»، «چگونگی تدریس دروس خارج»، « سید بغداد پژوهشی در زندگی امام کاظم(علیه السلام)»، «گفتمان اخلاق جهانی در تعالیم رضوی»، «هشتاد و هشت کلام از هشتمین امام» و .. را می‌توان از دیگر عناوین آثاری دانست که به همت گروه‌های هشت‌گانۀ پژوهشی بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی تولید شده و در اختیار علاقمندان قرار گرفته است.
بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی افزون بر تولید آثاری به زبان فارسی آثاری را نیز به زبان‌های عربی، انگلیسی، اردو و... به چاپ رسانده است که «آیات العقاید»، «فقه الحادیث الامام الرضا و ابناء الکرام(علیهم السلام)»، «موسوعة الحدیث النبوی» و «منتهی المطلب فی تحقیق المذهب» از جمله آثاری است که به زبان عربی منتشر شده است.