وجود پژوهشگران جوان و با استعداد در کنار پژوهشگران پیشکسوت و استاد در امر پژوهش، از جمله ویژگی‌های مراکز علمی همچون بنیاد پژوهش‌های اسلامی است که می‌تواند در پیشبرد امور علمی و تولید آثار فاخر و رسیدن به اهداف والای سازمانی که همانا ترویج و نشر فرهنگ اسلامى است، کمک به سزایی کند.

دکتر محسن شرفایی از جمله این پژوهشگران است؛ وی در سال 1364 در شهرستان بم از توابع استان کرمان دیده به جهان گشود و پس از طی کردن دوران تحصیل ابتدایی تا پیش‌دانشگاهی، برای اخذ مدرک کارشناسی در دانشگاه مذاهب اسلامی تهران در رشتۀ ادیان و مذاهب پذیرفته شد. محسن شرفایی در سال 1386 توانست دورۀ کارشناسی خود را با موفقیت به پایان برد و دو سال بعد، یعنی در سال 1388 دورۀ کارشناسی ارشد خود را در رشتۀ ادیان و عرفان تطبیقی در دانشگاه فردوسی مشهد به اتمام رساند. دورۀ دکتری ایشان در دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم تحقیقات تهران در رشتۀ ادیان و عرفان تطبیقی سپری شد که در سال 1395 موفق به اخذ درجه دکتری گردید.

دکتر شرفایی در دوران تحصیل از درس استادانی همچون دکتر سید فتح الله مجتبائی، دکتر ابوالفضل محمودی، دکتر محمدجواد شمس، دکتر علی اشرف امامی و دکتر منصور معتمدی بهره برد و مدتی را نیز در بخش عرفان دایره المعارف بزرگ اسلامی مشغول به فعالیت علمی بود.

محسن شرفایی از سال 1391 به جمع پژوهشگران بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی پیوست و حاصل فعالیت علمی او دو کتاب با عنوان کتاب شناسی توصیفی یهودیت و کتاب شناسی توصیفی ادیان ایران باستان، با همکاری علی اکبری چناری، است.

وی همچنین تا کنون 15 مقالۀ علمی پژوهشی با عناوین زیر به زیور طبع آراسته است:

- «بررسی احوال و آراء عرفانی ابوسلیمان دارانی»، تهران، مجله آموزشی و پژوهشی فروغ وحدت، پاییز 88.

- ترجمه مقاله« Al- Dajjal»، با همکاری ولی عبدی، قم، مجله تخصصی هفت آسمان. شماره 50، تابستان 90.

- «الطبقات الکبری: تذکره ای از غرب جهان اسلام و مقایسه آن با مهمترین تذکره های غرب جهان اسلام»، با همکاری دکتر علی اشرف امامی، زنجان، مجله علمی ـ پژوهشی اديان و عرفان، شماره 28، تابستان 90.

- «دیدگاه های عبدالوهاب شعرانی درباره­ی آراء ابن عربی»، مشهد، دو فصلنامه علمی ـ پژوهشی مطالعات اسلامی: فلسفه و کلام نشریه دانشکده الهیات فردوسی مشهد، سال چهل و چهارم، شماره پیاپی 2/88، بهار و تابستان 1391.

- «تأملی در اساطیر کیهان زایی اوپنیشدها»، مجله علمی-پژوهشی فلسفه دین دانشگاه تهران، دوره 10، شماره 4، زمستان 1392.

- «تأملی در کیهان شناسی بودایی»، با همکاری دکتر ابوالفضل محمودی، مجله علمی – پژوهشی معرفت ادیان، شماره 15، تابستان 92.

- « سلسله کبرویه ذهبیه پس از حاجی محمد خبوشانی »، با همکاری دکتر علی اشرف امامی، مجله علمی-پژوهشی پژوهشنامه عرفان، شماره 11، زمستان 93.

- «پطرس و پولس در سنت اسلامی»، عرفان ایران، مجموعه مقالات 38، 1393.

- «نگاهی به شروح عرفانی مهر نبوت»، با همکاری دکتر علی اشرف امامی، مجله علمی – پژوهشی پژوهشهای ادب عرفانی(گوهر گویا)، دوره 8، شماره 2، پاییز و زمستان 1393.

- «تأملی در احوال و اندیشه های عرفانی جلال الدین سیوطی»، با همکاری علی اکبری، مجله علمی پژوهشی عرفان اسلامی، سال یازدهم، شماره 43، بهار 1394.

« بررسی ادبیات پورانه­ای در دین و فرهنگ عامة هندو»، با همکاری دکتر ابوالفضل محمودی، مجله علمی پژوهشی مطالعات شبه قاره، دانشگاه سیستان و بلوچستان، شماره 29، زمستان 1395.

- «دیدگاه­های کیهان شناختی در هستی شناسی جینی»، با همکاری دکتر ابوالفضل محمودی، مجله علمی – پژوهشی فلسفه دین، پردیس قم دانشگاه تهران، دوره چهارده، شماره 1، بهار 1396.

- «خلوت»، تهران، دایره المعارف بزرگ اسلامی، ج 22، صص 560-564.

- «جستاری در پراکندگی زیدیه از ابتدای پیدایش تا دوران معاصر»، همایش فی رحاب الامام علی (ع)، 1393

- «سلسلة حسینیه همدانیه: احیای طریقت کبرویه در خوارزم»، با همکاری حسن قادری، دانشگاه پنجاب، همایش بین المللی میر سیدعلی همدانی در لاهور پاکستان، دسامبر 2015.

دکتر محسن شرفایی از پژوهشگر جوان گروه کلام و اندیشه اسلامی بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی، هم اکنون افزون بر کار علمی در گروه یاد شده، به تدریس دروس تخصصی در دانشگاه نیز مشغول است.