شورای پژوهشی بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی متشکل از استادان و فرهیختگان حوزه و دانشگاه است.  مهم‌ترین فعالیت‌های این شورا، ارزیابی و بررسی آثار و طرح‌های ارسالی از پژوهشگران داخل مجموعه و خارج از بنیاد است. از دیگر وظایف این شورا بررسی مصوبات شوراهای علمی گروه‌های پژوهشی و همچنین ساختارها و فرآیندهای پژوهشی بنیاد است.

فرآیند بررسی آثار و طرح‌های ارسالی بدین گونه است که پس از طرح در شوراهای علمی و بررسی ارزیابان تعیین شده، این طرح‌ها و آثار وارد فرآیند بررسی شورای پژوهش می‌شوند که یا مصوبه چاپ خواهند گرفت یا برای ارزیابی تخصصی تر ارسال خواهند شد و یا در اولویت چاپ قرار نمی گیرند که در این شرایط با ذکر دلایل و تشکر از زحمات نگارنده، اصل طرح و اثر ارسالی عودت داده می‌شود.

اعضای شورای پژوهشی بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی برای دومین بار در سال 1397 تشکیل جلسه دادند. این جلسه سی و سومین جلسۀ شورا از زمان تشکیل آن است.