دکتر عطاء الله رفیعی آتانی با اشاره به اینکه با آثار بنیاد پژوهش‌های اسلامی از دیرباز آشنا بوده و از قدیم منشورات این مجموعه را در سراسر کشور دنبال می‌کردیم، گفت: این آثار، هم نشان از یک اصالت دارد؛ یعنی ریشه و اساس و جوهرۀ خوب دینی فرهنگی را در آن می‌بینید و هم مرتبط با رسالت‌های آستان قدس است؛ ولی ملاحظاتی وجود دارد که فکر می‌کنم اگر به آن توجه شود موجب پیشرفت کار بنیاد خواهد شد.
وی در همین باره افزود: اول آنکه کلیۀ آثار، گویی در قلمرو فرهنگ عمومی دینی است؛ یعنی با تأکید بر علوم قرآن و حدیث و به حدی فرهنگ و تاریخ؛ به نظر می‌آید که مسئولیت‌های دینی آستان قدس و یا مراکز شبیه به آستان قدس فراتر از این است. یعنی لازم است؛ اما کافی نیست. حتی پرداختن به فلسفه و کلام اسلامی که به هر حال یک ذخیره عظیم دانشی اسلامی است در این مجموعه آثار، نقش کمرنگی دارد و یا پژوهش‌های فقهی مورد نیاز امروز جامعه اسلامی و یا آثاری که در قلمرو علوم تربیتی و پرورشی است؛ فکر می‌کنم که بنیاد باید به صورت جدی تری به این موضوعات وارد شود.
رئیس دبیرخانه دائمی کنگره بین المللی علوم انسانی اسلامی، مسائل مربوط به حکومت و نظام سیاسی کشور را از مسائل روز عنوان کرد و اظهار داشت: به هر حال در حال حاضر اسلام در جمهوری اسلامی نمود بیشتری پیدا کرده است و همۀ مراکز از جمله بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی بایستی در مسیر تقویت نظام جمهوری اسلامی کار علمی انجام دهند.
رفیعی آتانی تصریح کرد: بحث‌هایی مانند اقتصاد اسلامی، سیاست اسلامی، مدیریت اسلامی، روانشناسی اسلامی، جامعه شناسی اسلامی و امثال اینها ابزار حکومت اسلامی بوده و دانش‌هایی است که به نحوی نرم افزار ادارۀ جامعۀ اسلامی به شمار می‌رود؛ بنابراین به نظر می‌آید که هم کار پژوهشی در قلمرو علوم اسلامی مصطلح مانند فقه و فلسفه وعرفان و هم علوم اسلامی انسانی که اکنون بر حسب اقتضای نظام جمهوری اسلامی به وجود آمده است، بایستی در مجموعه کارهای بنیاد تعریف شود.