کتاب حاضر در دو بخش سامان یافته است. در بخش نخست «شناسایی مفسّر و کتاب نفحات الرحمن فی تفسیر القرآن»، «تاریخ و حقانیت قرآن در نفحات الرحمن فی تفسیر القرآن»، «تحقیق در برخی آرای تفسیری نفحات الرحمن» و «روش تفسیری نفحات الرحمن فی تفسیر القرآن» عرضه شده است. بخش دوم، شامل تصحیح، تحقیق و تعلیق مقدمه نفحات الرحمن فی تفسیر القرآن است. در این بخش در قالب چهل فصل مستقل یا به تعبیر مفسّر «طُرفه»، به زبان عربی مباحث مهمی دربارة تاریخ و عدم و فضایل قرآن ارائه شده است.