یکی از حواشی مهم شرح حکمة العین بخاری، همین تعلیقات محقّق خفری است. و آن چنان که خود او در ابتدای کتاب می‌گوید، این تعلیقات را به صورت تدریجی و در زمان های مختلف نوشته، سپس آن ها را در کتابی با عنوان سواد العین جمع آورده است. وی در این اثر، دیدگاه های خود را در مسائل مربوط به امور عامه و وجود شناسی به خوبی و به طور مبسوط بیان می دارد. خفری در این اثر، علاوه بر بیان دیدگاه های خود، به حواشی استادش، یعنی صدرالدین دشتکی نیز نظر دارد و در موارد متعددی به نقل و نقد و تحلیل آن ها می پردازد. در چند مورد نیز به حواشی قطب الدین شیرازی اشاره می کند و از آن با عنوان الحواشی القطبیة نام می برد.